Um mit Indigo zu färben muss das Pigment in seine Originalform umgekehrt werden, das farblose Indoxyl. Farbküpen werden mit Indigo, alkalischen Lösungen von Kalk, Aschenlauge, Soda oder Urin und entweder einem mineralischen Reduktionsmittel oder einem bakteriellen Ferment angelegt. Das Pigment wird durch die Aktivität im Farbbad von seinem Sauerstoff beraubt und zerfällt in Indoxylradikale. Ein blauer schaumiger Film auf der Oberfläche, 'Blüte' genannt, kündigt an, dass die Küpe 'lebt' und bereit zum Färben ist.

Wird Stoff in das gelbgrüne Farbbad gegeben, absorbiert er den reduzierten Indigo. Der Luft ausgesetzt, 'atmet' das Indoxyl , nimmt Sauerstoff auf, und wandelt sich wieder in stabiles Indigoblau. Diese Umwandlung findet teilweise innerhalb der molekularen Struktur der Zellulose statt, was zu einer Permanenz des Indigoblaus auf der Pflanzenfaser führt.